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La Microbiología Industrial como objeto de estudio tiene toda aplicación tecnológica que utilice microorganismos vivos, sus derivados para la obtención o modificación de productos de considerable valor  económico, usando como sustrato desechos agrícolas, desechos industriales y productos naturales  de bajo costo; entre los productos obtenidos de fuentes microbianas se encuentran  materias primas, aditivos,  antibióticos, hormonas, enzimas y otros, empleados en la agroindustria.